亲子鉴定主要以人的血型和血型以外的单纯遗传性状的遗传规律为基础，遗传性状是由位于细胞核内染色体上的基因所控制的，并通过亲代与子代间基因的传递将个体特征遗传给子代。
[ 1 ] 子代基因都来自亲代，一半来自父亲，一半来自母亲。 [ 2 ] 除非亲代一方（或双方）有某一基因，否则子代不会有该基因。 [ 3 ] 如果亲代一方为基因纯合子，则所有子代都携有该基因 在亲子鉴定中最常用的方法是血型检验，所有的血型系统（红细胞血型、白细胞血型、血清型、红细胞酶型）都是按照孟德尔遗传规律由亲代传给子代的，都可以作为亲子鉴定的依据。 然而血型鉴定的结果只能作为否定亲生关系的根据，尽管非父排除率和肯定父权的机率可达到99%以上，但仍不能100%肯定。血型以外的遗传性状，如指纹、耳垢型、PTC味盲、外貌特征，以及妊娠期限、生育性交能力等的鉴定只能作为亲子鉴定参考。 现代生物技术的发展已能将DNA片段的分子通过杂交得到DNA指纹，如此技术应用于亲子鉴定，可将随机相同机率缩小到三百亿分之一。
